Prinsessegårdene, der er en selvejende institution med egne vedtægter og driftsaftale godkendt af Københavns Kommune, har følgende organisation:
- Institutionsbestyrelsen bestående af 4 frit valgte medlemmer & 3 forældrerepræsentanter (forpersonen for hver gårds forældreudvalg). Desuden kan klyngelederen samt den pædagogisk leder fra fra hver gård deltage i institutionbestyrelsens møder uden stemmeret
- Forældrebestyrelsen bestående af 6 forældrerepresentanter (for- & næstforperson for hver gårds forældreudvalg) & 3 medarbejderrepræsentanter (en fra hver gård). Desuden kan klyngelederen, institutionsbestyrelsens forpersonen samt den pædagogiske leder fra fra hver gård deltage i forældrebestyrelsens møder uden stemmeret
- 3 forældreudvalg, en for hver gård hver bestående af 6 forældre & 2 medarbejderrepræsentanter. Desuden kan klyngelederen og institutionsbestyrelsens forpersonen deltage i forældreudvalgsmøderne uden stemmeret
For nuværrende er instututionems bestyrelsen sammensat som følger:
- Forperson Claus Østergaard, medarbejderrepræsentant hos FLSmidth og "prinsesseforældre" i perioden 2000-2006
- Susanne Christensen, forperson for forældreudvalget i Benediktegården
- Henrik Vagner, tidligere direktør for FOBU - De selvejene institutioners administrationforening
- Michael Hansen, værkstedsleder på Statens Museum for Kunst
- Morten Bo Hansen, forperson for forældreudvalget i Margrethegården
- Næstforperson Ming Tang, forperson for forældreudvalget Anne-Mariegården
Vedtægter og forretningsorden for Institutionsbestyrelsen, Forældrebestyrelsen & Forældreudvalg